特定医療法人が厚生労働大臣の定める基準を満たす旨の証明業務

　特定医療法人とは、租税特別措置法に基づき、財団または持分の定めのない社団の医療法人であって、その事業が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与し、かつ、公的に運営されていることにつき国税庁長官の承認を受けた医療法人のことであり、特定医療法人として承認された場合は、法人税において軽減税率が適用されます。
　東北厚生局では、特定医療法人が法人税率の特例を受けるための要件のうち、租税特別措置法施行令第三十九条の二十五第一項第一号に掲げられている厚生労働大臣による当該各事業年度に係る厚生労働大臣の証明書の交付業務を行っています。

• 制度の概要はこちら（厚生労働省ホームページ）

• 租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明書等の様式の制定について（平成15年医政指発第1009第001号）（通知本文）

(1)証明に係る要件は以下をご覧ください。
　特定医療法人の承認要件については、平成31年度税制改正の大綱（平成30年12月21日閣議決定）に基づき所要の見直しが行われました。
　主な改正点は全収入金額の100分の80を超えなければならない「社会保険診療等」の事業収入に、障害福祉事業の収入金額を加える（平成31年度改正前は自由診療等に計上）というもので、平成31年4月1日以降に開始する事業年度から適用されます。なお、平成31年4月1日より前に開始した事業年度については、改正前の承認要件が適用されます。

• 特定医療法人の承認及び持ち分の定めのない医療法人への移行計画の認定要件の見直し等について（平成31年3月29日医政支発0329第2号）
• 申請要領等

(2)申請は以下の書類にご記入の上、申請書類一式（添付書類を含む）を正本及び副本の各1通の合計2通作成し、東北厚生局管理課へは正本1通をご提出ください。

租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明願（平成31年度改正後申請書）

【証明申請にあたっての必要な書類】
・租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明願（別添2）
・付表1~4のうち基準ごとに必要なもの
・租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準のうち第2号イに該当している旨の証明願（別添3）
・付表1~3のうち該当するもの
・要件等の添付書類

(3)申請は電子メール、郵送で受付いたします。
電子メールでご提出の際は下記のとおりお願いいたします。
・租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準のうち第2号イに該当している旨の証明願（別添3）については、郵送での原本提出をお願いいたします。
・送付先メールアドレス
　thkousei018★mhlw.go.jp（「★」を「@」に置き換えてください。）
・件名
（法人名）特定医療法人の証明申請について

• 租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明書等の様式の制定について（平成15年医政指発第1009第001号）（通知本文）

(1)証明に係る要件は以下をご覧ください。
　特定医療法人の承認要件については、令和7年度税制改正の大綱（令和6年12月27日閣議決定）に基づき所要の見直しが行われました。
　主な改正点は「社会保険診療等に係る収入金額」の範囲に補助金等に係る金額を加えるとともに、「全収入金額」を医療保険業務による収入金額とする等というもので、令和7年4月1日以降に開始する事業年度から適用されます。なお、令和7年4月1日より前に開始した事業年度については、改正前の承認要件が適用されます。

• 認定医療法人及び特定医療法人の認定又は承認要件の見直し等について（令和7年3月31日医政支発0331第4号）
• 申請要領等

(2)申請は以下の書類にご記入の上、申請書類一式（添付書類を含む）を正本及び副本の各1通の合計2通作成し、東北厚生局管理課へは正本1通をご提出ください。

租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明願（令和7年度改正後申請書）

【証明申請にあたっての必要な書類】
・租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明願（別添2）
・付表1~4のうち基準ごとに必要なもの
・租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準のうち第2号イに該当している旨の証明願（別添3）
・付表1~3のうち該当するもの
・要件等の添付書類

(3)申請は電子メール、郵送で受付いたします。
電子メールでご提出の際は下記のとおりお願いいたします。
・租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準のうち第2号イに該当している旨の証明願（別添3）については、郵送での原本提出をお願いいたします。
・送付先メールアドレス
　thkousei018★mhlw.go.jp（「★」を「@」に置き換えてください。）
・件名
（法人名）特定医療法人の証明申請について

• 書類の不備・記載漏れがあった場合には、証明書の発行まで期間を要することがあります。
• 申請書類チェックリストで申請内容に誤りがないかご確認できます。
　　申請書類チェックリスト

• 毎年6月は証明願の申請が集中します。証明に係る審査は日数を要しますので、ご提出はなるべく早めにお願いします。
• 「規制改革実施計画」（令和2年7月17日閣議決定）を踏まえ、証明願の提出にあたって申請者の押印は不要となりました。

　一般の医療法人が新規に証明申請を行う場合、下記の内容について留意してください。

• 付表1（証明願記1及び2に係る添付書類）及び付表2（証明願記3に係る添付書類）については、前事業年度の数字を記載してください。

　　添付書類も前事業年度のものを提出してださい。

• 付表3（証明願記4に係る添付書類）については、前事業年度の支給総額を記載するとともに、備考欄に申請年度の給与支給予定総額を記載してください。
• 付表4（証明願記6に係る添付書類）については、申請が7月1日より前であれば前事業年度の分を添付してください。申請が7月1日以後であれば申請年度の調査票を添付し、後日、申請年度の7月1日現在の調査票を提出してください。
• 付表4の記載内容も添付資料に合わせて下さい。

　※ 申請要件について、付表1及び付表2は前事業年度の数字、付表3は申請年度における給与支給予定総額、付表4は申請年度の数字がそれぞれ要件を満たしているかどうかで判断します。