更新日：2024年5月16日

特定医療法人が厚生労働大臣の定める基準を満たす旨の証明について

概要等

特定医療法人とは、医療法人が税法上の承認を国税庁長官から受けることにより、承認後に終了する各事業年度において、法人税率が軽減税率の適用を受ける医療法人のことです。

関東信越厚生局では、特定医療法人として、法人税率の特例を受ける要件（各事業年度においてその事業及び医療施設が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与するもの）とされる厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の厚生労働大臣の当該事業年度における証明書の交付業務を行っています。

• 特定医療法人制度について（厚生労働省ホームページへリンク）

平成31年度特定医療法人制度の改正について

特定医療法人の承認要件については、平成31年度税制改正の大綱（平成30年12月21日閣議決定）に基づき所要の見直しが行われました。主な改正点は全収入金額の100分の80を超えなければならない事業収入に、障害福祉事業の収入金額を加える（平成31年度改正前は自由診療等に計上）というもので、平成31年4月1日以降に始まる事業年度から適用されます。

• 特定医療法人の承認及び持分の定めのない医療法人への移行計画の認定要件の見直し等について（平成31年3月29日医政支発0329第2号）

証明の要件及び申請方法

（1）証明に係る要件及び申請方法は以下に掲載の通知をご覧ください。

• 特定医療法人の申請等手続き関係（厚生労働省ホームページへリンク）

（2）申請は以下の書類にご記入の上、申請書類一式（添付書類を含む）を正本及び副本の各1通の合計2通作成し、関東信越厚生局管理課へは次の書類を提出ください。

• 租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明願（平成31年度改正後申請書（エクセル：106KB））

　提出書類
　・正本：申請書類一式（添付書類を含む）1通
　・副本：証明願（別添2）のみ1通
　※副本については、証明願（別添2）以外の書類はお手元に保管ください。

申請時の注意事項

1. 申請書の内容確認のためご連絡をする場合がありますので、ご連絡先の電話番号及びご担当者のお名前（フリガナ）を記入した別紙又は付せん等を添付してください。また、内容確認のため、ご提出書類以外の書類をお願いする場合もあります。

2. 毎年6月は証明願の申請が集中します。証明に係る審査は日数を要しますので、ご提出はなるべく早めにお願いします。

3. 「押印を求める手続の見直し等のための厚生労働省関係省令の一部を改正する省令」（令和二年厚生労働省令第二百八号）が施行されたことに伴い、申請者の押印が不要となりました。