特定医療法人が厚生労働大臣の定める基準を満たす旨の証明について

　特定医療法人とは、医療法人が税法上の承認を国税庁長官から受けることにより、承認後に終了する各事業年度において、法人税率が軽減税率の適用を受ける医療法人のことです。
関東信越厚生局では、特定医療法人として、法人税率の特例を受ける要件（各事業年度においてその事業及び医療施設が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与するもの）とされる厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の厚生労働大臣の当該事業年度における証明書の交付業務を行っています。

〈令和7年度 特定医療法人制度の改正について〉
　令和7年度税制改正の大綱（令和6年12月27日閣議決定）において、特定医療法人に関する「社会保険診療等に係る収入金額の合計額が全収入金額の100分の80を超えること」の承認要件について、「社会保険診療等に係る収入金額」の範囲に補助金等に係る収入金額を加えるとともに、「全収入金額」を医療保健業務による収入金額とする等とされたことを受け、令和7年3月31日付で「租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準（平成15年厚生労働省告示第147号）」（以下「基準」という。）が一部改正されました。
　ただし、改正後の基準は医療法人の令和7年4月1日以降に始まる事業年度について適用し、医療法人の同日前に開始した事業年度については、なお従前の例によることとされているためご留意ください。
※　令和7年4月1日より前に開始した事業年度については、開始前の承認要件が適用されます。

（1）証明に係る要件及び申請方法は以下に掲載の通知をご覧ください。
特定医療法人の申請等手続き関係（厚生労働省ホームページへリンク）

（2）申請は以下の書類にご記入の上、申請書類一式（添付書類を含む）を正本及び副本の各1通の合計2通作成し、関東信越厚生局管理課へは次の書類を提出ください。
租税特別措置法施行令第39条の25第1項第1号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明願（令和7年度改正後申請書）［87KB］
　提出書類
　・正本：申請書類一式（添付書類を含む）1通
　・副本：証明願（別添2）のみ1通
　※副本については、証明願（別添2）以外の書類はお手元に保管ください。

1．申請書の内容確認のためご連絡をする場合がありますので、ご連絡先の電話番号及びご担当者のお名前（フリガナ）を記入した別紙又は付せん等を添付してください。また、内容確認のため、ご提出書類以外の書類をお願いする場合もあります。

2．毎年6月は証明願の申請が集中します。証明に係る審査は6週間程度の日数を要しますので、ご提出はなるべく早めにお願いします。

3．「押印を求める手続の見直し等のための厚生労働省関係省令の一部を改正する省令」（令和二年厚生労働省令第二百八号）が施行されたことに伴い、申請者の押印が不要となりました。

4．令和6年4月1日以降、80/100要件の分子に計上する新型コロナワクチン接種による収入金額は、定期の予防接種として行った⓵65歳以上の者及び⓶60歳以上65歳未満の者であって所定の基礎疾患を有する者に対する接種となります。
(4に係る通知）
社会医療法人、特定医療法人及び認定医療法人が満たすべき要件社会保険診療等に係る収入金額が全収入金額の80/100を超えること）における令和6年度以降の新型コロナワクチン接種に係る収入金額の取扱いについて［111KB］